L'IPhT dépend de l'Institut de physique (ex MPPU) ) du CNRS.
La gestion administrative est assurée par la délégation Ile-de-France-sud.
L'évaluation scientifique des chercheurs CNRS est assurée par la section 02 du Comité national de la recherche scientifique.
La section locale (Gif-sur-Yvette) du comité d'entreprise (CAES) du CNRS