Institut de Physique Théorique
Direction de la Recherche Fondamentale  -  Saclay
UMR 3681 - INP
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Samedi 22 juillet 2017

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Jean-Louis Sikorav

Service de physique théorique
CEA/Saclay
F-911911 Gif-sur-Yvette CEDEX tel.jpg 0169086643
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Cours EPFL 2008 Elements of biology

Elements of biology.pdf 

Elements 1 Introduction.pdf 

Elements 2 Construction 1.pdf 

Elements 3 Construction 2.pdf 

Elements 4 Helices & icosahedra.pdf

Elements 5 Fitness & Environment.pdf

Elements 6 Biopolymers 1.pdf 

Elements 7 Biopolymers 2.pdf 

Elements 8 Biological motion.pdf 

Elements 9 Physical chemistry of natural selection.pdf

 

 

Cours UPMC 2008

Elements UPMC1.pdf

Elements UPMC2.pdf

Elements UPMC3.pdf

 

Fonction

Chercheur

Sujets de recherche

Biochimie et biophysique de l'ADN et des chromosomes ;  condensation de l'ADN; cristaux liquides d'ADN ; renaturation et cyclisation de l’ADN ; division cellulaire; ADN topoisomérases.
Biochimie hétérogène, bases de l'efficacité biochimique.
Méthodologie de la recherche.

CV

A) Cursus :

 Elève de l'Ecole Normale Supérieure de la rue d'Ulm 1977-1980.
Ingénieur-Elève de l'Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris 1980-1982.
Maîtrise de Biochimie à l'Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) 1977-1979.
Premier Cycle des Etudes Médicales (PCEM 1 et PCEM 2) à l'Université René Descartes (Paris V), CHU Necker-Enfants Malades 1977-1979.
Diplôme d'Etudes Approfondies d'Immunologie de l'Université Pierre et Marie Curie 1979-1980. Partie théorique de ce diplôme : Cours d'Immunologie de l'Institut Pasteur. Stage pratique réalisé dans l'Unité de Génie Génétique de l’Institut Pasteur.
Admissible à l'Agrégation de Mathématiques en 1980.
Thèse de Doctorat d'Etat ès Sciences Naturelles présentée à l'Université Pierre et Marie Curie en 1987.

Situation actuelle : Ingénieur en Chef au Corps National des Mines, en détachement comme chercheur au Commissariat à l'Energie Atomique
Adresse professionnelle : CEA/Saclay, Service de Physique Théorique, Bâtiment 774,  Orme des Merisiers, 91191 Gif-sur -Yvette cedex
Téléphone : 01 69 08 66 43 ; télécopie : 01 69 08 81 20; courriel : jean-louis.sikorav@cea.fr

B) Expérience professionnelle

Activités de Recherche
Depuis décembre 2006 Chercheur au Service de Physique Théorique
1996-2006 : Responsable du Groupe d’Etude de la Biophysique de l’ADN.
Depuis 1991 : Chercheur au Commissariat à l'Énergie Atomique, Service de Biochimie et Génétique Moléculaire.
1989-1991 : Chercheur à l’Institut Pasteur (Département d'Immunologie, Laboratoire du Professeur F. Rougeon). Conseiller de la direction de l'Institut Pasteur, chargé de la définition de la politique suivie en matière de documentation scientifique, ainsi que de la conception et du suivi du projet d'établissement de la nouvelle bibliothèque centrale (coût du projet : 110 MF).
1988-1989 : Visiting scientist dans le Département de Génétique de la Harvard Medical School, Laboratoire du Professeur G. M. Church.
1987-1988 : Ingénieur de Recherche à Rhône-Poulenc Recherches, chargé de la coordination des programmes de recherche de Rhône-Poulenc Chimie et de Rhône-Poulenc Recherches dans le domaine des biotechnologies.
1982-1987 : Préparation d'un Doctorat d'Etat dans le Laboratoire de Neurobiologie de l'Ecole  Normale Supérieure sous la direction du Dr. J. Massoulié.
1979-1982 : Travaux de recherche à l'Institut Pasteur (Unité de Génie Génétique) sous la direction du Dr. F. Rougeon.

Encadrement de doctorants : Isabelle Chaperon (1995-1999) ; Dorothée Jary (1995-1998). Prix de thèse Jacques Monod de la Fondation de France ; Vladimir Teif (2002-2004) ; Carine Douarche (2003-2007).

Activités d'Enseignement
2004-2005    Cours sur les fondements de la biologie moléculaire. Université d’Evry
2003-2004    Cours de Biologie Moléculaire, Ecole doctorale de physique théorique de la région parisienne   
2000-2001    Chargé du cours de Biophysique, Département de Physique, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne
1997            Série de cours au 39ème Cours organisé par l’Association Vaudoise des Chercheurs en Physique consacré la             Physique des polymères
1996            Série de cours à l’Ecole d’été de physique théorique des Houches
1995            Série de cours sur la biophysique au Laboratoire Léon Brillouin (CNRS/CEA)
1990-1991    Chargé de Cours sur la méthodologie de la recherche à l'Ecole Nationale Supérieure des Techniques Avancées.

Organisation d'Enseignements
2000, 2002 et 2004 : directeur des Ecoles "ADN et chromosomes : Approches physiques et biologiques", Institut des Etudes Scientifiques de Cargèse.
2002        Coorganisateur de l’Atelier « Coulomb Effects in Soft Condensed Matter and Molecular Bioscience». Aspen Center for Physics, mai-juin 2002.
1996        Co-organisateur de l'Ecole "Structure et fonction de l'ADN : une approche physique", 30 septembre au 5 octobre 1996, Ottrott.

Autres activités
1989-1991 : Conseiller de la direction de l'Institut Pasteur, chargé de la définition de la politique suivie en matière de documentation scientifique, ainsi que de la conception et du suivi du projet d'établissement de la nouvelle bibliothèque centrale (coût du projet : 110 MF).

Publications scientifiques

1. Sikorav J.-L., C. Auffray & F. Rougeon. Structure of the constant and 3' untranslated region of the murine Balb/c γ2a heavy chain messenger RNA. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 3143-3155.

2. Auffray C., R. Nageotte, J.-L. Sikorav, O. Heidmann & F. Rougeon. Mouse immunoglobulin A: nucleotide sequence of the structural gene for the α heavy chain derived from cloned cDNAs. Gene. 1981, 13, 365-374.

3. Ollo R., C. Auffray, J.-L. Sikorav & F. Rougeon. Mouse heavy chains variable regions: nucleotide sequence of a germ-line VH gene. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 4099-4109.

4. Auffray C, J.-L. Sikorav, R. Ollo et &. Rougeon. Correlation between D region structure and antigen binding specificity: evidences from the comparison of closely related immunoglobulin VH sequences. Annal. Immunol. (Paris). 1981, 132D, 77-88.

5. Ollo R., J.-L. Sikorav & F. Rougeon. Structural relationship among mouse and human immunoglobulin VH genes in the subgroup III. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 7887-7897.

6. Sikorav J.-L., J. Grassi & S. Bon. Synthesis in vitro of precursors of the catalytic subunits of acetylcholinesterase from Torpedo marmorata and Electrophorus electricus. Eur. J. Biochem. 1984, 145, 519-524.

7. Sikorav J.-L., F. Vallette, J. Grassi & J. Massoulié. Isolation of a cDNA clone for a catalytic subunit of Torpedo marmorata acetylcholinesterase. FEBS Letters. 1985, 193, 159-163.

8. Sikorav J.-L., E. Krejci & J. Massoulié. cDNA sequences of Torpedo marmorata acetylcholinesterase: primary structure of the precursor of a catalytic subunit; existence of multiple 5'-untranslated regions. EMBO J. 1987, 6, 1865-1873.

9. Sikorav J.-L. Thèse de Doctorat d'Etat ès Sciences Naturelles présentée à l'Université Pierre et Marie Curie. Soutenue le 29 juin 1987. Sujet : Biologie moléculaire de l'acétylcholinestérase : structure des sous-unités catalytiques ; mise en évidence d'une unité de transcription complexe.

10. Sikorav J.-L., N. Duval, A. Anselmet, S. Bon, E. Krejci, C. Legay, M. Osterlund, B. Reimund & J. Massoulié. Complex alternative splicing of acetylcholinesterase transcripts in Torpedo marmorata electric organ; primary structure of the precursor of glycolipid-anchored dimeric form. EMBO J. 1988, 7, 2983-2993.

11. Sikorav J.-L. The utility of scientific papers. Scientometrics. 1991, 21, 49-68.   Sikorav Utility of scientific papers 1991.pdf

12. Sikorav J.-L. & G. M. Church. Complementary recognition in condensed DNA: Accelerated DNA renaturation. J. Mol. Biol. 1991, 222, 1085-1108. Sikorav JMB 1991.pdf

13. Sikorav J.-L. & G. Jannink. Dynamics of entangled DNA molecules in the presence of topoisomerases. C. R. Acad. Sci. Paris Série II. 1993, 316, 751-757.  Sikorav CRAS 1993.pdf

14. Sikorav J.-L. & G. Jannink. Kinetics of chromosome condensation in the presence of topoisomerases: A phantom chain model. Biophys. J. 1994, 66,     827-837. Sikorav Chromosome Condensation 1994.pdf 

15. Sikorav J.-L., J. Pelta & F. Livolant. A liquid crystalline phase in spermidine-condensed DNA. Biophys. J. 1994, 67, 1387-1392.
Sikorav LC phase in spermidine condensed DNA 1994.pdf

16. Musti R., J.-L. Sikorav, D. Lairez, G. Jannink & M. Adam. Viscoelastic properties of entangled DNA solutions. C. R. Acad. Sci. Paris Série II. 1995, 320, 599-605. Musti1995.pdf

17. Duplantier B., G. Jannink & J.-L. Sikorav. Anaphase chromatid motion: Involvement of type II DNA topoisomerases. Biophys. J. 1995, 69, 1596-1605. Duplantier Anaphase Motion 1995.pdf

18. Duplantier B., G. Jannink & J.-L. Sikorav. Structural transitions in DNA and chromosomes: kinetics and enzymatic catalysis. In Slow dynamical processes in heterogeneous soft matters,   J.-P. Cohen-Addad éditeur. Centre de Physique des Houches. 1995, 55-63. Duplantier1995b.pdf

19. Pelta J., F. Livolant & J.-L. Sikorav. DNA aggregation induced by polyamines and cobalthexamine. J. Biol. Chem. 1996, 271, 5656-5662. Pelta JBC 1996.pdf

20. Jannink G., B. Duplantier & J.-L. Sikorav. Forces on chromosomal DNA during anaphase. Biophys. J. 1996, 71, 451-465.
 Jannink Forces Anaphase 1996.pdf

21. Sikorav J.-L. The separation of the complementary strands of DNA in the presence of DNA topoisomerases. C. R. Acad. Sci. Paris Série II. 1996, 323, 329-333. Sikorav1996.pdf
     
22. Raspaud E., M. Olvera de la Cruz, J.-L. Sikorav & F. Livolant. Precipitation of DNA by polyamines: a polyelectrolyte behavior. Biophys. J. 1998, 74, 381-393. Raspaud Biophys J 1998.pdf

23. Jary D., J. Lal & J.-L. Sikorav. Accelerated cyclization of λ DNA. C. R. Acad. Sci. Paris Série III. 1998, 321, 1-4. JaryCRAS1998.pdf

24. Chaperon I. & J.-L. Sikorav. Renaturation of condensed DNA studied through a decoupling scheme. Biopolymers. 1998, 46, 195-200. Chaperon1998.pdf

25. Sikorav J.-L., B. Duplantier, G. Jannink & Y. Timsit. DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: A thermodynamical study. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1279-1287. Sikorav JMB 1998.pdf

26. Timsit Y., B. Duplantier, G. Jannink & J.-L. Sikorav. Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1289-1299.  Timsit JMB 1998.pdf

27. Jary D., J.-L. Sikorav & D. Lairez. Nonlinear viscoelasticity of entangled DNA molecules. Europhys. Lett. 1999. 46, 251-255.
JaryEPL1999.pdf

28. Jary D. & J.-L. Sikorav. Cyclization of globular DNA. Implications for DNA-DNA interactions in vivo. Biochemistry. 1999, 38, 3223-3227.  JaryBiochem1999.pdf

29. Goldar A. & J.-L. Sikorav. DNA renaturation at the water-phenol interface. Eur. Phys. J. E. 2004, 14, 211-239. GoldarPERT004.pdf

30. Douarche, C., J.-L. Sikorav & A. Goldar. Aggregation and adsorption at the air-water interface of bacteriophage φX174 single-stranded DNA. Biophys. J. 2008, 94, 134-146.
Douarche Biophys. J. 2008.pdf

31.Douarche C., R. Cortès, S. J. Roser, J.-L. Sikorav & A. Braslau. DNA adsorption at liquid/solid interfaces. J. Phys. Chem. B. 2008. 112, 13676–13679. Douarche DNA adsorption JPCB 2008.pdf

32. J.-L. Sikorav, H. Orland & A. Braslau. Mechanism of thermal renaturation and hybridization of nucleic acids: Kramers’ process and universality in Watson-Crick base pairing. J. Phys. Chem. B. . J. Phys. Chem. B. 2009. De Gennes Memorial Issue (in press). Sikorav Renaturation & hybridization 2009.pdf


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